Белорусский центр медицинских технологий, информатики, управления и экономики здравоохранения (БелЦМТ) был создан на базе Республиканского информационно-вычислительного центра Министерства здравоохранения (РИВЦ) (Постановление Совета Министров Республики Беларусь от 28 февраля 1992 года № 109 и приказ Министерства здравоохранения Республики Беларусь от 13 марта 1992 № 46). 
13 июня 2000 года Белорусский центр медицинских технологий, информатики, управления и экономики здравоохранения переименован в государственное учреждение «Белорусский центр медицинских технологий, информатики, управления и экономики здравоохранения» (Приказ Министерства здравоохранения Республики Беларусь от 13.06.2000 года №141).
Государственное учреждение «Белорусский центр медицинских технологий, информатики, управления и экономики здравоохранения» 4 июня 2007 года Приказом Министерства здравоохранения Республики Беларусь №470 переименовано в государственное учреждение «Республиканский научно-практический центр медицинских технологий, информатизации, управления и экономики здравоохранения» (РНПЦ МТ).
Целью деятельности Центра являются научные исследования по совершенствованию функционирования системы здравоохранения Республики Беларусь в современных социально-экономических условиях, разработка стратегии и тактики, новых организационных мероприятий по совершенствованию медицинской помощи населению Республики Беларусь.
РНПЦ МТ является головным учреждением в республике по выполнению и координации научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ по проблемам организации, управления, экономики и информатизации здравоохранения.